勿慢牛 » 化学 http://klniu.com 『勿慢牛个人博客』 Fri, 06 Jan 2012 06:42:54 +0000 en hourly 1 http://wordpress.org/?v=3.3.1 使用Gromacs需要注意的一些问题 http://klniu.com/post/using-gromacs-to-note-some-of-the-problems/ http://klniu.com/post/using-gromacs-to-note-some-of-the-problems/#comments Mon, 12 Sep 2011 02:45:57 +0000 勿慢牛 http://klniu.com/?p=698 此文是本人在模拟过程中所积累的一些经验，有些参考价值。不断更新中…

  1. grompp 中的-t选项是需要注意的，他的使用是和上一个模拟过程，比如nvt，连接的，如果没有此选项，意味着模拟是重新开始的，切记。
]]> http://klniu.com/post/using-gromacs-to-note-some-of-the-problems/feed/ 0 关于rlist, rcoulomb, rvdw http://klniu.com/post/about-rlist-rcoulomb-rvdw/ http://klniu.com/post/about-rlist-rcoulomb-rvdw/#comments Tue, 07 Jun 2011 06:44:25 +0000 勿慢牛 http://klniu.com/post/about-rlist-rcoulomb-rvdw/ Continue reading →]]> 参见：http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg08387.html

My first question is with regards to the size relationship between rlist and rvdw/rcoulomb, and consequently the meaning of rlist.

The option you want is rcoulomb < rlist and rvdw < rlist. This works and gives the most accurate and also the most costly integration.

A faster and very commonly used setting is: rlist=rcoulomb=rvdw. With PME the Coulomb interactions are very small at the cut-off, as are the LJ interactions. So with a small sacrifice in integration accuracy one can gain a lot of performance, also because analytical LJ is cheaper than tabulated.

The last option is rcoulomb > rlist and/or rvdw > rlist. Then the energies and forces beyond rlist are only updated every nslist steps. This gives less integration accuracy but can give a lot of “interaction” accuracy at a small computational cost.

]]> http://klniu.com/post/about-rlist-rcoulomb-rvdw/feed/ 0 分析化学手册下载 http://klniu.com/post/analytical-chemistry-manual/ http://klniu.com/post/analytical-chemistry-manual/#comments Tue, 02 Dec 2008 12:45:29 +0000 勿慢牛 http://livesdrop.com/2008/12/%e5%88%86%e6%9e%90%e5%8c%96%e5%ad%a6%e6%89%8b%e5%86%8c%e4%b8%8b%e8%bd%bd-153/ 分析化学手册内容比较详细，大家好像要的比较多，所以我把它放到115和dropbox里面，两个地址应该可以了，115的速度比较快，推荐

分析化学手册（第二版）第一分册 基础知识与安全知识

http://u.115.com/file/f0958c09e6

分析化学手册（第二版）第二分册 化学分析

http://u.115.com/file/f01180e1d5

分析化学手册 （第二版） 第三分册 光谱分析

http://u.115.com/file/f0e42b8262

分析化学手册（第二版）第四分册_电化学分析

http://u.115.com/file/f0e3d3bb68

分析化学手册（第二版）第五分册 气相色谱分析

http://u.115.com/file/f0b3626027

分析化学手册（第二版）第六分册 液相色谱分析

http://u.115.com/file/f084505ed1

分析化学手册 （第二版） 第七分册 核磁共振波谱分析

http://u.115.com/file/f09f1cd5c7

分析化学手册（第二版）第八分册 热分析

http://u.115.com/file/f0d7c25759

分析化学手册 第二版 第九分册 质谱分析

http://u.115.com/file/f051294d26

分析化学手册（第二版）第十分册 化学计量学PDF

http://u.115.com/file/f05823cc94

]]> http://klniu.com/post/analytical-chemistry-manual/feed/ 10 常用酸的浓度及其对应的密度和物质的量 http://klniu.com/post/acid-concentration/ http://klniu.com/post/acid-concentration/#comments Wed, 29 Oct 2008 13:18:00 +0000 勿慢牛 http://livesdrop.com/2008/10/%e5%b8%b8%e7%94%a8%e9%85%b8%e7%9a%84%e6%b5%93%e5%ba%a6%e5%8f%8a%e5%85%b6%e5%af%b9%e5%ba%94%e7%9a%84%e5%af%86%e5%ba%a6%e5%92%8c%e7%89%a9%e8%b4%a8%e7%9a%84%e9%87%8f-25/ 浓盐酸

密 度ρ/（g·cm-3）　　　　　　　　1.19
质量分数/%　　　　　　　　　　　 38
（物质的量）浓度C/（mol.L-1）　　12

稀盐酸

密 度ρ/（g·cm-3）　　　　　　　　1.10
质量分数/%　　　　　　　　　　　 20
（物质的量）浓度C/（mol.L-1）　　6

稀盐酸

密 度ρ/（g·cm-3）　　　　　　　　1.03
质量分数/%　　　　　　　　　　　 7
（物质的量）浓度C/（mol.L-1）　　2

浓硝酸

密 度ρ/（g·cm-3）　　　　　　　　1.40
质量分数/%　　　　　　　　　　　 65
（物质的量）浓度C/（mol.L-1）　　14

稀硝酸

密 度ρ/（g·cm-3）　　　　　　　　1.20
质量分数/%　　　　　　　　　　　 32
（物质的量）浓度C/（mol.L-1）　　6

稀硝酸

密 度ρ/（g·cm-3）　　　　　　　　1.07
质量分数/%　　　　　　　　　　　 12
（物质的量）浓度C/（mol.L-1）　　2

]]> http://klniu.com/post/acid-concentration/feed/ 0